《魔法纪录 魔法少女小圆外传》故事发生在新兴都市「神浜市」，由于奇怪的力量这座城市不断吸引着魔法少女们在此汇集，为了寻找妹妹的而来到神浜市魔法少女「环伊吕波」，将会和其他魔法少女们一起探索隐藏在这座城市背后的真相。